L’autel en bois est simple. L'antependium (le devant d'autel) est en bois sculpté, il représente Saint Jean Baptiste prêchant dans le désert.
Le retable, derrière l’autel, est composé d'un beau cadre de bois avec volutes, doré à la feuille d'or, et d'une grande toile représentant la décollation de Saint Jean-Baptiste.
En effet, Saint Jean-Baptiste est présenté comme l’Agneau de Dieu immolé (voir l'inscription "ECCE AGNUS DEI") et la partie supérieur du cadre indique bien la fonction de ce lieu de culte "DEFUNCTUS ADHUC LIQUITUR", passage de l’épître aux hébreux qui dit "les défunts nous parlent maintenant".
Une inscription en bas à gauche du tableau indique la date de sa réalisation : "le 7 du mois de septembre 1671 à Saint Michel". Cela a éveillé la curiosité des experts de la Conservation Départementale du Patrimoine qui ont découvert (à droite du tableau) la signature d'un des grands maîtres de la peinture savoyarde au 17è siècle, Gabriel DUFOUR, qui avait effectivement un atelier à Saint Michel de Maurienne. Alors que cette toile commençait à s'effriter, cette découverte a entraîné un travail de restauration complet par un atelier spécialisé, ce qui lui a permis de retrouver, sans bourse déliée, toute sa jeunesse.